三国时期，战火纷起。年轻的华佗在家乡亳州给百姓看病，过着自由洒脱的日子。华佗妙手让太守女儿明心起死回生，获得了神医美名，也从此与明心结下不解之缘。为了研制麻沸散给明心治疗眼睛，华佗开始游历寻药。在都城，华佗与英雄关羽、奸雄曹操和师兄吴思德屡有交集，见识了官场险恶，世态炎凉。最让华佗痛心的是，心爱的姑娘明心惨遭吴思德霸占。在东吴山中，绝望的华佗受隐者指点，幡然醒悟，立志成为医人医心医国的苍生大医。赤壁之战，刮骨疗毒，秘境历险。任凭风吹雨打，从不曾改变拯救苍生的赤子之心。麻沸散的研制成功，也让华佗和明心的爱情修成正果，可就在幸福来临时，曹操因病、因疑、因恨抓走了华佗，这位行医济世、妙手回春的苍生大医逝于囚牢。。看到那些人就这样走了，不少的人也被鼓舞带动，把剩下的那些充气船都悄悄解开，逃跑了，不顾船长和其他船员们的阻止，甚至还拿着利器挥舞警告大家不要接近。大家只能无奈地看着……